Isolement et caractérisation des rhizobactéries promotrices de la croissance des plantes capables de lutter contre le Fusarium

Abstract

L’utilisation de certains microorganismes non pathogènes (Plant Growth Promoting Rhizobactéria, PGPR) en tant que biopesticides est une technologie émergente et écologiquement compatible considérée comme alternative prometteuse aux pesticides de synthèse. L’objectif de ce présent travail est l’isolement d’une large gamme de bacteries rhizosphériques manifestant une activité antifongique vis-à-vis de Fusarium oxysporum f. sp radicis lycopersici et promotrices de la croissance de cultures de la tomate. Le screening primaire effectué à partir de la rhizosphère de tomate, prélevée dans la région de Mehdia (Tunisie), sur un milieu de culture gélosé a permis l’isolement de vingt deux (22) souches bactériennes. Le screening secondaire des souches isolées à partir de la rhizosphère a permis la sélection de quatre souches bactériennes stimulatrices de la croissance de la culture de la tomate in vivo. L’identification phénotypique, moléculaire des quatre souches bactériennes, sélectionnées stimulatrices de la croissance de la tomate in vivo et la caractérisation de leur potentiel PGPR in vitro par l’étude de la production de l’acide salicylique, de l’acide indole acétique, la solubilisation du phosphate, la fixation de l’azote atmosphérique et l’activité antagoniste vis-à-vis de Fusarium oxysporum f. sp radicis lycopersici a été effectué. L’amplification du fragment d’ADN codant la région 16S ARN des quatre souches bactériennes, sélectionnées stimulatrices de la croissance de la tomate in vivo et leur séquençage ont révelé leur appartenance aux espèces suivantes : MR1 : Acidovorax avenae subsp. avenae, ME1 : Pseudomonas putida, MS3 : Microbacterium arthrosphaerae et MR6 : Rahnella aquatilis. Par ailleurs, les quatre souches ont manifesté une activité antagoniste vis-à-vis de Fusarium oxysporum f. sp radicis lycopersici in vivo. L’étude de la résistance systémique des cultures de la tomate, traitée par le Fusarium oxysporum f. sp radicis lycopersici et induite par les quatre souches sélectionnées est basée sur la réduction des symptômes de maladie et l’accumulation d’un composé de type phytoalexine dans les tissus des tomates traitées, analysé par (HPLC). L’inocuation des cultures de la tomate avec les quatres souches sélectionnées a montré une excellente résistance de la tomate vis-à-vis de Fusarium oxysporum f. sp radicis lycopersici, traitées par les deux isolats Acidovorax avenae subsp. avenae et Pseudomonas putida. A cet effet, les bactéries sélectionnées stimulatrices de la croissance pourront substituer l’utilisation courante des engrais chimiques xénobiotiques et nocifs.